asterisk -r
 agi set debug on
 core set debug 5

En la doc habla de reinciar el logger con module reload logge (https://wiki.asterisk.org/wiki/display/AST/Collecting+Debug+Information)

Parece que también se puede hacer solo de un PEER (http://pbxinaflash.com/community/index.php?threads/debugging-sip-example.9745/)

 sip set debug peer 1000

Aunque no tengo claro como escribirlo ni como cambiar la conf a nivel global. Lo que hay de logs en /etc/asterisk es reescrito por Elastix (por FreePBX detrás)

TCPDUMP y Wireshark

Interesante opción también para capturar paquetes y leerlos en Wireshark con un Tool para VOIP. https://www.youtube.com/watch?v=OFpQLyQxt84

tcpdump -w - -p -n -s 0 udp > /tmp/XXXXXXX

Para hacer el dump en la maquina y ese archivo se puede abrir en WS.

Info: http://redmine.streamco.org/projects/smartswitch-public/wiki/Debug_VoIP_call_with_Wireshark