Al actualizar w2 a deb9 he hecho algunos cambios a la estructura de confs.

En general al usar percona server, hay algunas modificaciones a la conf estandar… usa su propia carpeta y el nuevo sistema de  update-alternatives:

Configurando percona-server-common-5.7 (5.7.24-27-1.stretch) ...
dpkg-query: no se ha encontrado ningún paquete que corresponda con el patrón /etc/mysql/my.cnf.migrated.
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* The suggested mysql options and settings are in /etc/mysql/percona-server.conf.d/mysqld.cnf
* If you want to use mysqld.cnf as default configuration file please make backup of /etc/my.cnf
* Once it is done please execute the following commands:
rm -rf /etc/mysql/my.cnf
update-alternatives --install /etc/mysql/my.cnf my.cnf "/etc/mysql/percona-server.cnf" 200

Además de eso he migrado a un archivo propio toda la conf de mysqld nuestra y me lo he llevado a _shared/mysql. Esta conf genérica debería valer para la mayoría de instalaciones y alternativamente en cada maquina cargar adicionalmente un archivo propio. Lo he metido en el de percona.d para asegurar el orden de carga.

De los antiguos archivos en _share de mysql los he migrado a carpeta mysql/ y dejado symlinks. (Hay que migrar a producción carpeta y symklinks)