Hay varios artículos sobre como depurar en PhpStorm con xDebug, pero está incompleto o hablan de un caso que no es el nuestro: depuración desde un servidor PHP externo (192.168.0.110).

xDebug (servidor)

Cómo instalar xdebug (suponiendo versión 5 de PHP):

sudo apt-get install php5-xdebug

o (versiones nuevas de debian)

sudo apt install php5-xdebug

Esto nos crea un archivo de configuración en /etc/php5/apache2/conf.d/xdebug.ini (puede que le ponga un número por delante al .ini para establecer un orden entre los plugins).

La configuración con la que ha funcionado:

xdebug.remote_connect_back = 1 # responde a cualquiera que haga la petición de depuración
xdebug.remote_port=9000 
xdebug.remote_enable=1 # dudo si hace falta con remote_connect_bak = 1 pero lo mantengo en el conf
xdebug.max_nesting_level = 300 
xdebug.scream = 0 
xdebug.cli_color = 1 
xdebug.show_local_vars = 1

# profiler: análisis de rendimiento de una página (se puede ver se pierde más tiempo de carga)
xdebug.profiler_enable = 0; 
xdebug.profiler_enable_trigger = 1;  # solo se activa si añado XDEBUG_PROFILE=1 en la URL como parámetro o por COOKIE 
xdebug.profiler_output_dir = "/cache/cachegrind" # donde colocar los profiler
xdebug.profiler_output_name = "cachegrind.out.%t.%p"

xDebug (phpStorm)

En el menú seleccionamos Run > Edit Configurations y añadiremos PHP Web Application.

En host escribe el nombre del dominio en el servidor y en Debugger la opción es xDebug.

Crearemos un server si no lo tenemos. Tendremos que mapear nuestra ruta local a donde está haciendose el montaje. La ruta que hay que poner es /home/smb/webs-pcs/$usuario/$proyecto.

Guardamos la configuración y ponemos un breakpoint dentro del código (clickando en el lateral izquierdo). En la parte superior derecha después del botón de Play, hay otro botón con forma de Bug, lo pulsamos y ya estamos depurando nuestro código.

Si queremos hacer un profile añadimos un parámetro XDEBUG_PROFILE = 1 y nos creará un archivo en xdebug.profile_output_dir que podremos visionar con otro programa. Esto se depura en http://home64.alsur.es/webgrind